กิจกรรมสำคัญเรื่องหนึ่งในการเตรียมความพร้อมการเจรจาความตกลง FTA คือ การศึกษาประเมินผลกระทบ ผลประโยชน์ที่ประเทศไทยจะได้รับต้นทุนในด้านต่างๆ ที่ประเทศไทยต้องจ่ายอันเป็นผลมาจากความตกลง FTA อย่างไรก็ดี ในการศึกษาประเมินผลกระทบทั้งในทางบวกและทางลบที่ผ่านมา มักมุ่งเน้นผลกระทบด้านเศรษฐศาสตร์ที่เป็นผลจากการค้าโดยตรงเป็นหลัก โดยมีข้อจำกัดที่ไม่สามารถประเมินและคิดรวมต้นทุนที่สำคัญยิ่งใน 2 ด้านคือ ต้นทุนทางด้านสิ่งแวดล้อมและด้านสังคม ส่งผลให้การตัดสินใจและการพิจารณากำหนดนโยบายต่างๆของรัฐขาดข้อมูลที่ครบถ้วนรอบด้าน เนื่องจากเป็นการตัดสินใจบนพื้นฐานข้อมูลด้านเศรษฐกิจการค้าเป็นหลักเท่านั้น จึงเป็นสาเหตุหนึ่งที่ทำให้ผลการศึกษาและการกำหนดนโยบายเรื่อง FTA ไม่ค่อยเป็นที่ยอมรับจากสาธารณชน โดยเฉพาะอย่างยิ่งจากผู้ที่ได้รับผลกระทบโดยตรงด้านสังคมและสิ่งแวดล้อม
ดังนั้น หากมีการพัฒนากรอบแนวทางการประเมินผลกระทบจากการทำความตกลง FTA ทั้งในภาพรวมและในประเด็นเฉพาะที่ส่งผลกระทบกว้างขวางต่อประเทศไทย
จะทำให้ยุทธศาสตร์การเจรจาการทำความตกลง FTA ของไทยมีความชัดเจน
มีการเตรียมความพร้อมเพื่อกระบวนการต่อรองและลดผลกระทบในเชิงลบได้อย่างครบถ้วนและรอบด้านมากขึ้น
ครอบคลุมทั้งมิติด้านเศรษฐกิจ สังคมและสิ่งแวดล้อม
สร้างความโปร่งใสและเป็นธรรมในพิจารณาประเด็นผลประโยชน์ของกลุ่มต่างๆ ในสังคม
ตลอดจนวางมาตรการที่เหมาะสมเพื่อลดผลกระทบและชดเชยให้กับภาคส่วนต่างๆในสังคมที่อาจได้รับผลกระทบจากการจัดทำความตกลงการค้าเสรี
ในการศึกษานี้ ได้พัฒนากรอบแนวทางการประเมินผลกระทบจากการทำความตกลง FTA โดยแยกเป็น 2 ส่วน คือ (1) กรอบแนวทางประเมินในภาพรวมของ FTA และ (2) กรอบแนวทางประเมินในหัวข้อเฉพาะ ซึ่งมี 6 หัวข้อ ได้แก่ ด้านสิ่งแวดล้อม ด้านแรงงาน ด้านการลงทุน ด้านเกษตร ด้านทรัพย์สินทางปัญญา และด้านกระบวนการยุติข้อพิพาท
เนื้อหาในกรอบแนวทางการประเมินจะมีลักษณะเป็นหัวข้อประเด็นเพื่อตรวจสอบ (Check List) พร้อมทั้งมีเนื้อหาเพื่อการพิจารณารายละเอียดของประเด็นสำคัญ เช่น ประเด็นที่เป็นข้อขัดแย้ง (Controversial Issues) ประเด็นที่มีความอ่อนไหว (Sensitive Issues) ประเด็นข้อเรียกร้องที่ประเทศไทยไม่ควรยอมรับ ประเด็นที่ขัดแย้งกับพันธกรณีภายใต้ความตกลงระหว่างประเทศที่เกี่ยวข้องและประเทศไทยเป็นภาคีสมาชิก เป็นต้น